由于加盟店经营的好坏关系到整个特许经营体系的利益一旦某一个加盟店经营不善关门歇业，整个特许经营体系的声誉和形象将受到影响。在这种情况下，特许总部总是要力图接管该加盟店，使其尽可能恢复经营。但是，对于一些投资大且必须在繁华地段开业的加盟店，总部的接管有时会遇到门店租赁的问题。如某特许经营企业在某大城市有一家加盟店，开业时间是九八年底，被特许者的门店租赁期十年。开业后，由于被特许者没有经验，加上没有投入足够的精力进行经营管理，经营情况不理想。经协商，被特许者同意由总部接管该加盟店，总部拟将该店的经营权授予给另外一个申请加盟者，但这涉及到门店转租的问题。由于房价上涨等原因，原房东坚决不同意加盟店的接管者继续承租该门店，而有关法律规定转租房屋必须经出租人同意。致使总部被迫放弃接管该加盟店的计划，特许经营体系在该地区的形象和声誉受到一定的影响。其实这种情况是可以避免的。做法是：在被特许者与出租人签订门店租赁合同时，总部可以作为第三方介入，签订一个三方合同。在合同中规定，如被特许者经营不善或其他原因需将加盟店交给总部接管时，在合同规定的承租期内，被特许者有转租权，总部或其同意的其他组织或个人享有承租权。
十二）、违约责任
对违约责任的约定既有利于督促双方认真履行合同，又有利于在发生纠纷时解决纠纷。因此制订详尽的违约责任条款具有一定的意义。如某特许经营合同规定：“合同一经签订双方不得以任何理由违约，如因一方违约给对方造成经济损失，违约方应根据造成损失的程度支付十万元以上违约金。”又如：“乙方（被特许者）违反合同规定发生下列情况之一时，甲方有权解除合同，并要求对方支付违约金及赔偿金：
1、未经甲方允许擅自扩大许可商标的使用范围，或与其它商标组合使用；
2、未经甲方允许将许可商标再许可他或转让、出借、转卖他人制作或使用；
3、自行制作或用与许可商标相似或变形的商标；
4、降低加盟店的服务质量或产品（商品）质量，发生被舆论工具曝光批评或消费者投诉被证实等情况；
5、加盟店不按合同规定支付特许权使用费；
6、不接受甲方依据管理规定进行的监督、或阻止甲方进行检查；
7、擅自变更本合同规定的权利义务主体。”
十三）、合同的终止和纠纷的处理方式
特许经营合同的期限一般较长，在合同有效期内如出现一些意外情况，双方约定可以提前终止合同。如某特许经营合同规定：“本合同在下列条件下自动终止：
1、乙方或加盟店遭受严重亏损而无力或不可能继续经营；
2、乙方或加盟店破产、无偿还能力或不可能继续经营；
3、乙方财产的主要部分被法院强制执行；
4、乙方解散。”
关于纠纷的解决需要注意的是：特许经营合同的发行是一个长期的过程，出现纠纷是很正常的事情。特许双方的既有对立的一面，也有统一的一面。因此一旦纠纷出现，双方应该彼此坦诚地交换意见，尽量通过协商解决纠纷，这样对双方都有利。如协商不成，可通过诉论或仲裁解决。如某特许经营合同规定：“在本合同执行过程中，双方如有意见分歧，应协商解决。协商不成时任何一方均可申请＊＊仲裁委员会仲裁。该裁决为终局裁决，对双方均有法律约束力。”
除以上内容外，特许经营合同还可以包括如下内容：财务协助和管理、设备和物品的配送、加盟店营业品种的限制、广告促销支持和控制等等。
